一七七三年十月，约翰•牛顿前往窝威克（Warwick）讲道，突然接到安文师母（Mary Unwin）寄来的一封令他十分震惊的信件，说威廉•古柏（William Cowper）因忧郁症复发，有自杀的意图。约翰•牛顿于是匆匆赶回奥尔尼，用神的话语和弟兄的爱心来勉励威廉•古柏，来抚慰他脆弱的、多愁善感的心灵。约翰•牛顿开始意识到：威廉•古柏作为英国杰出的诗人，又翻译过法国属灵伟人盖恩夫人的许多诗歌，仍然需要认识到，基督是他的诗歌和喜乐；而弟兄们之间也要互相关怀，留意这一类情况会发生。
威廉•古柏从死亡线边被挽回之后，神的灵再度感动他，他写下了一首非常优美的、感人肺腑的圣诗，即是《生命圣诗》里的《上主作为何等奥秘》（God Moves in a Mysterious Way）；亦是《普天颂赞》的《主意奥妙歌》。至于《颂主圣诗》，则译为《真神踪迹何其难寻》现在录下第一节如下：
真神踪迹何其难寻，
广行奇事异能：
海上行走如行旱地，
空中驾云而行。
一七七四年，约翰•牛顿，以书信的体裁，出版了《灵性的台阶》（Omicron）。Omicron，是希腊文第十五个字母O的全称。
一七七七年十月，一场灾难性的大火烧毁了奥尔尼的大部分民房，奥尔尼满目疮痍。约翰•牛顿为了体恤灾情，不欲劳民伤财，于是向当地人提议，取消该年十一月五日的浮克斯（Guy Fawkes）纪念日的游行。（因一六○五年十一月五日，浮克斯企图炸毁英国王室和国会。英国人每年逢该日，都会抬着浮克斯的假人游行，再将之焚毁，为该宗火药阴谋案泄愤。有些奥尔尼居民，利用该日醉酒、捣乱、破坏公物，使纪念日变质。）
考虑到灾情的严重，浮克斯纪念日庆祝委员会同意取消那一年的庆祝游行和狂欢活动。意料不到的是，在纪念日的前夕，一批目无法纪的、暴虐野蛮的歹徒，由于不满意游行被取消，涌往街道游行示威，高呼口号，要求赔偿因庆典活动的取消所带来的经济损失。内中约有五十个醉酒醺醺的地痞流氓，迈向约翰•牛顿的住宅，扬言要捣毁他们认为的一个多管闲事的牧师的房子。玛丽生性善良脆弱，听到消息后面容失色，约翰•牛顿也为了大局着想，不想事态扩大，影响教会的事工，何况基督徒素来主张容忍宽恕，不赞成以暴易暴。结果约翰•牛顿私自托人与那批地痞流氓讲和，并送壹先令银币给他们的头目，整件事才平息下来。
约翰•牛顿觉得这件事对他是一个反省。事实上，他经过了十三年的牧养工作，又经常上门探访信徒，在只有数千人口的奥尔尼，竟然会产生这些无法无天的暴徒。更令他灰心的，是来聚会的人数，近年来越来越少；参加主日学的儿童也遽然减少。心灰意冷的他，开始考虑，到别处去服事主。
一七七九年，约翰•桑丹（John Thornton）推荐约翰•牛顿到伦敦市中心朗霸街（Lombard Street）的圣玛丽•邬尔诺（St．Mary Woolnoth）教堂任牧师。该教堂的命名，原是为记念一位英国圣人玛丽•邬尔诺（Mary Woolnoth）的。在那一年该教堂又合并了附近的一些教堂。
约翰•牛顿于一七七九年十二月十九日，在圣玛丽•邬尔诺教堂讲他履任新职后的第一篇道，经文是以弗所书四章十五节：“惟用爱心说诚实话，凡事长进，连于元首基督。”
应知道，圣玛丽•邬尔诺教堂位于伦敦的金融中心伦敦城（City of London），是伦敦城的第一教堂，所以也是伦敦市长循例要前往礼拜的教区教堂。约翰•牛顿担任了这间教堂的牧师之后，感慨良深，他说，一个在非洲过着连奴隶都不如的生活的人，因着神奇异的恩典，竟然成为世界第一大城市的第一教堂的主任牧师。
一七八○年六月，伦敦出现了一次令人震惊的“戈敦暴动”（Gordon Riots）。当年，伦敦虽然号称世界第一大城市，人口仍不足一百万。当时来自苏格兰的新教徒议员戈敦伯爵（Lord Gordon）为了抗议英国议会通过议案，为天主教复辟，发动六万个新教徒，六人一排，操进伦敦。他们在包围国会之后，分散到大街小巷，肆意蹂躏破坏。他们又烧毁了伦敦的两座监狱——新门（Newgate）和新牢（New Prison），释放了全部的囚犯。
约翰•牛顿从前在奥尔尼所经历过的暴动，与这次伦敦的戈敦暴动比起来，简直是小儿科。约翰•牛顿论及这次暴动时说，许多暴行，过于残忍，不堪细述。最后，暴徒把目标瞄准拥有金库的英伦银行（Bank of England）；而英伦银行，则位于圣玛丽•邬尔诺教堂附近。在暴乱中，约有两百人死亡，许多店铺、住宅付之一烬。末后，英国国王介入，下令禁卫军维持秩序，枪决了二十八个暴徒，暴乱才平息下来。
接下来的主日，约翰•牛顿讲道用的经文，是耶利米哀歌三章二十二节：“我们不至消灭，是出于耶和华诸般的慈爱；是因祂的怜悯，不至断绝。”
在主日晚上的聚会中，约翰•牛顿的信息则根据诗篇四十六篇十节：“你们要休息，要知道我是神。”
一七八一年，约翰•牛顿把他珍藏的部分书信整理成书出版，取名《心声的吐露》（Cardiphonia）。约翰•牛顿认为，《心声的吐露》是他平生最重要的，和最有代表性的著作。《心声的吐露》发行之后，从苏格兰、美国、印度、法国、荷兰等地，纷纷有人寄信给他，感谢这本书带给读者的激励和供应。苏格兰爱丁堡（Edinburgh）有一位公理会牧师爱克曼（John Aikman），在他未重生前，有一次，乘船前往牙买加（Jamaica），在途中，因读到《心声的吐露》，受感动而悔改得救。
正如多年前，各地的读者，蜂拥到奥尔尼，欲亲睹“一篇真实的记述”的作者的庐山真面目：如今则是另一批读者，到伦敦朗霸街（Lombard Street）的圣玛丽•邬尔诺教堂拜访，以一睹《心声的吐露》的作者为荣。当约翰•牛顿在教堂讲道时，许多来自外地的听众占据了教堂的大部分座位，以致本来在教堂聚会的信徒要让出座位来。
约翰•牛顿在伦敦讲道时，并不比他在奥尔尼讲道时更有口才，但却更有能力，更有圣灵的同在。作为多年在非洲过着航海生活的老船长，对钓鱼有一定的理会。他认为一个渔夫成功与否，取决于他是否钓到鱼获。
约翰•牛顿在伦敦担任牧师期间，所带领得救者之中，有不少人后来被神大大使用，包括到东印度群岛作差传工作的布加南（Claudius Buchanan）和解经家史考特（Thomas Scott）。
一七八五年十二月四日主日，有一个青年人在教堂递上一张字条，说有要紧的事，要约见老牧师约翰•牛顿。约翰•牛顿看了青年人的名字，大吃一惊，原来他就是新近冒升的下议院议员威廉•韦伯福士（William Wilberforce）。
威廉•韦伯福士生于一七五九年，其伯母汉娜•韦伯福士（Hannah Wilberforce），是位虔诚爱主的福音派基督徒。由于威廉•韦伯福士八岁时，父亲过世，故由其伯母一手抚养长大。威廉•韦伯福士小时，曾随伯父母到奥尔尼听约翰•牛顿讲道，素来对约翰•牛顿十分敬佩。威廉•韦伯福士从剑桥大学（Cambridge University）的圣约翰学院（St.John's College）毕业后，就成功地在竞选中赢得了下议院的议席。这位二十三岁的年青议员更与英国首相威廉•皮特（William Pitt）情同手足。威廉•韦伯福士以一个基督徒的良心和道德标准，一直认为贩卖黑奴是不道德的，和违反人权的，是所有文明国家的耻辱。约翰•牛顿和比他年幼三十四岁的威廉•韦伯福士交谈之后，支持威廉•韦伯福士为废除黑奴买卖所作出的一切努力。
一七八八年，英国首相威廉•皮特在枢密院为贩卖黑奴问题召开了听证会，老牧师约翰•牛顿应召在听证会上发言。他以亲身的经历，陈述了黑奴买卖的阴暗面和悲惨情况，并强调说，这类买卖人口的行径是不道德的和不可容忍的。
约翰•牛顿随后发表了《对非洲奴隶买卖的感想》（Thoughts Upon The African Slave）的小册子，由于他曾是从事奴隶买卖船只的船长，甚有说服力，该小册子畅销英国各地，并不断加印，销量高达数万本。
一七九○年十二月十五日，与约翰•牛顿长相厮守的老伴玛丽因胸部患了末期癌症，终于息劳归主。约翰•牛顿伤痛之余，从主得着安慰，他说：“我得着扶持，我受到安慰，我心里很踏实，主实在恩待我，我相信我们很快在天家相晤，不再分离。”他的话虽然这么说，但是主仍然保留他的性命；他在妻子逝世后，又活了十七年。他过去也觉得过份地爱玛丽，玛丽几乎成为他的偶像，成为他另一个金牛犊。主把玛丽收回，实有祂的美意，好让约翰•牛顿更专一地爱祂。
一七九九年，约翰•牛顿所著作的属灵伟人传记《威廉•格林萧的生平》（Memoirs of the Life of William Grimshaw）正式发行。约翰•牛顿在四十三年前曾在哈渥（Hawort）的循道会教堂得着威廉•格林萧牧师的属灵供应。威廉•格林萧在一七六三年逝世后，约翰•牛顿对他仍念念不忘。约翰•牛顿在该本传记中，强调许多讲道的人太注重头脑的知识，和讲道的逻辑与技巧，而忽略了灵命的供应和圣灵的能力。
一八○七年一月，约翰•牛顿那一双曾在商船甲板上健步如飞的双脚，再也走不动了。到了年底时，他慨叹说，我的记忆力逐渐衰退，却有两件事是我终生不能忘怀的：即我是一个大罪魁，而耶稣基督是一位满有恩典的救主。
一八○七年十二月二十一日，约翰•牛顿归回天家。在奥尔尼教堂的墓碑上，镌刻着约翰•牛顿生前为自己写好的墓铭：“约翰•牛顿牧师，从前是个罪大恶极悖逆神的人，曾在非洲充当奴隶的仆役，却因者救主耶稣丰盛的恩典，得蒙保守、挽回和赦免，并被指派去传杨福音。”
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